El genoma de la viruela que llegó a América

El genoma de la viruela que llegó a América#

Dos personas enterradas en Camarones 9, en el norte de Chile, murieron entre 1492 y 1631 con viruela. De sus restos se recuperaron los primeros genomas antiguos del virus en América: un linaje que hoy está extinto, que se separó del tronco europeo alrededor de 1296 y que ya venía con casi una cuarta parte de sus genes rotos. Este notebook reconstruye, desde las tablas suplementarias del paper, a qué ritmo mutó el virus en cada tramo de su árbol y cuándo se rompió cada gen.

El hallazgo: entre 1594 y 1794 el reloj molecular del virus corre entre 3,1 y 3,8 veces más lento, y después vuelve a acelerarse.

Gráfica clave#

Tasas de sustitución por rama del árbol filogenético

Reproducir#

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O localmente:

pip install pandas matplotlib numpy scipy
jupyter execute notebook.ipynb

Datos#

  • datos/substitution_rates.csv — tabla S14: tasas sinónimas y no sinónimas con su ventana temporal, 4 ramas × 4 clases de gen (16 filas)

  • datos/gene_status_by_group.csv — tabla S10: inventario de los 214 genes por grupo funcional (8 filas)

  • datos/gene_status_per_genome.csv — tabla S11: estado gen a gen en CAM9_208 y en 4 genomas medievales (214 filas)

  • datos/inactivation_by_lineage.csv — derivado de S11: genes por categoría de linaje (7 filas)

  • datos/inactivating_mutations.csv — tabla S12: las 20 mutaciones inactivantes, con rama y gen (20 filas)

  • datos/genome_coverage.csv — tabla 1: cobertura y daño terminal de los dos genomas antiguos (2 filas)

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