64 canales de ARN en una sola imagen

64 canales de ARN en una sola imagen#

Un microscopio de fluorescencia distingue 4 colores. Los métodos que superan ese límite (MERFISH, seqFISH) necesitan decenas de rondas de imagen para codificar más genes. PRISM empuja el límite sin añadir rondas: codifica cada ARN con una combinación de 4 canales e intensidad — y elige 64 puntos del espacio que quedan separados por al menos √2 unidades.

El hallazgo: PRISM elige 64 codewords de un espacio de 1.296 combinaciones posibles (4,9%). La separación mínima entre cualquier par — √2 ≈ 1,414 — es la distancia que un píxel ruidoso no puede cruzar.

Gráfica clave#

Espacio de codewords

Reproducir#

Abrir en Colab

O localmente:

pip install pandas matplotlib numpy
jupyter execute notebook.ipynb

Datos#

  • datos/barcodes_64.csv — 64 codewords del panel 64-plex (d0-d3, digit_sum, n_nonzero)

  • datos/barcodes_31.csv — 31 codewords del panel 31-plex (versión previa)

  • datos/gene_panels.csv — 124 filas: paneles de genes por tejido (Cerebro / Embrión, 30-plex / 64-plex)

  • datos/hcc_probes.csv — Conteo de sondas por gen en el panel HCC (31 genes, 91 sondas)

Todo viene del Supplementary Data 4 del paper.

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