Una sola metilación apaga la enzima

Una sola metilación apaga la enzima#

ThermoCas9, una variante de Cas9 que prefiere ADN sin metilar 12 veces más fuerte que el ADN metilado, podría editar selectivamente células de cáncer mientras deja en paz las células normales — porque las células sanas y las cancerosas se diferencian justamente en su patrón de metilación. El paper combina enzimología, edición en líneas celulares humanas y cuatro estructuras de crio-microscopía electrónica para reconstruir el mecanismo molecular.

El hallazgo: En 4 sitios genómicos × 2 líneas celulares, ThermoCas9 no edita ningún sitio cuando el PAM está metilado (0%) y edita entre 16-33% cuando no lo está. El ratio de afinidad in vitro es 12× (Ki = 64 vs 767 nM).

Gráfica clave#

Indel por estado de metilación

Reproducir#

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O localmente:

pip install pandas matplotlib numpy
jupyter execute notebook.ipynb

Datos#

  • datos/indel_cellular.csv — frecuencias de indel en HEK293T y HCT116, 4 sitios × 2 líneas (8 mediciones).

  • datos/ki_oligos.csv — constantes de inhibición (Ki ± SE) para oligos no metilados vs metilados (2 condiciones).

  • datos/construct_editing.csv — % reads modificadas en MCF-7 (cáncer) vs MCF-10A (normal) con WT vs catalíticamente reforzado.

  • datos/cryoem_resolutions.csv — 4 estructuras crio-EM (PDB 9AR4-9AR7, EMDB 43769-43772) con resoluciones 2,2-3,5 Å.

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