Una proteína viral le devolvió la memoria a ratones con deterioro cognitivo

Una proteína viral le devolvió la memoria a ratones con deterioro cognitivo#

Una variante humana del gen PPP1R15B mantiene encendida una respuesta de estrés celular llamada ISR — y eso solo basta para deteriorar la memoria. El paper muestra que una proteína viral, DP71L, la apaga y revierte los déficits cognitivos en ratones con Down, Alzheimer y envejecimiento. Este notebook usa los datos públicos para verificar la firma molecular del ISR persistente en el cerebro mutante.

El hallazgo: ATF4 sube su eficiencia traduccional 53% en ratones Ppp1r15b R658C (p ≈ 0,005, Cohen’s d ≈ 5) — la firma canónica del ISR encendido — pero solo 1,6% de los 10.908 genes cambian, demostrando que el efecto es selectivo, no global.

Gráfica clave#

Dianas canónicas del ISR

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O localmente:

pip install pandas matplotlib numpy scipy
jupyter execute notebook.ipynb

Datos#

  • datos/isr_targets_summary.csv — 6 dianas canónicas del ISR (Atf4, Ddit3/CHOP, Atf5, Chac1, Asns, Mthfd2) con cambios % en RNA y eficiencia traduccional + p-valores

  • datos/te_analysis.csv — análisis de eficiencia traduccional (TE = Ribo_RPKM / RNA_RPKM) por gen, 10.910 genes expresados

  • datos/rpkm_per_sample.csv — RPKM por gen por muestra (12 muestras: 2 ensayos × 2 genotipos × 3 réplicas)

Generados desde GSE310398 (BioProject PRJNA1365879).

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